Durante el porfiriato todos los estados tenían escuelas de tercera clase, mixtas o de dos turnos que estaban destinadas a las poblaciones pequeñas y dispersadas. Se cree que también las haciendas y los ranchos tenían escuelas para los hijos de los empleados, sin embargo no se tiene una cifra exacta de cuantas escuelas eran.
En el estado de San Luis Potosí había, durante el Porfiriato, 222 escuelas rurales y 206 urbanas, es por ello que el problema más importante de este estado era el de llevar la educación a las poblaciones rurales. Tamaulipas fue otro estado que le dio prioridad a la educación rural. En 1899 se organizó un Congreso Pedagógico con el objetivo de unificar la educación y “establecer un plan estatal de proyecciones al futuro”.Se levantó una estadística escolar rural y se escogieron las haciendas o ranchos que tuvieran mayor población o en la que algún vecino ofreciera el local o alguna otra ventaja.
Uno de los estados ejemplares en cuanto a la educación era Jalisco debido a que más de una tercera parte de los niños con edad escolar iba a la escuela, sin embargo aún faltaba seguir fundando otras en las rancherías y las haciendas.
Los problemas de la falta de educación en zonas rurales se debía a el despreció con el cual los liberales y positivistas veían al indio. Durante muchos años se pensó que el rendimiento del país sería mejor si se impulsaba la inmigración, sin embargo esta alternativa no tuvo éxito pronto que el desarrollo de México tendría que basarse en su propia población. A partir de la primera década del presente siglo aumentó el interés por educar al indio, como único medio de integrarlo a la sociedad. Se celebraron varios congresos agrícolas y cuatro católicos dedicados a los problemas de la raza indígena. El periodista de ese culto, Trinidad Sánchez Santos, pensaba que había que mejorar la condición del indio, antes que mandarlo a la escuela. Algunos ideólogos del Porfiriato como Francisco Bulnes, Emilio Rabasa y Francisco Cosmes compartían puntos de vista con Sánchez Santos. Ellos pensaban que la educación por si misma no cambiaría el destino de los indígenas: “la instrucción obligatoria es inútil, decía Cosmes, porque de nada sirve al indígena saber leer y escribir: esto no cambia su suerte”. Rabasa, por su parte, pensaba que antes de enseñarle a leer al indio era necesario liberarlo de sus propias miserias. Bulnes y el positivista ortodoxo Austín Aragón decían que mientras no se repartieran la tierra y se aumentaran los jornales de los campesinos, la educación sólo fomentaría el inconformismo social. Estos pensadores fueron más bien la excepción que la regla, pues aún Justo Sierra pensaba que la educación por si misma sería suficiente para integrar al indio a la sociedad y mitigar las desigualdades sociales.
Los estados menos alfabetizados durante el Porfiriato fueron Guerrero, Oaxaca y Chiapas debido a que contaban con más personas indígenas el cual siempre fue un obstáculo para los programas educativos. A pesar de que los estados del norte le daban más importancia a la educación no eran los más alfabetizados.
Durante el Porfiriato el número de escuelas privadas y del clero era muy inferior al de las oficiales, y de las primeras dos, las privadas superaban con mucho a las segunda. Debido a la escasez de las escuelas y a la pobreza de recursos, el estado porfirista motivó a los particulares, ofreciéndoles útiles o textos escolares, para que abrieran planteles educativos siempre y cuando se sujetaran a las normas y programas establecidos por el gobierno. Los particulares a su vez, ayudaron al gobierno cediendo casa para escuelas sin cobrar renta.
A pesar de las motivaciones que se le daban a las escuelas particulares éstas no eran tan buenas como las oficiales ni tenían tanta demanda, es por ello que disminuyeron durante el Porfiriato. Los que asistían a las escuelas particulares eran los hijos de las familias acomodadas quienes iniciaban su enseñanza en sus hogares para después acudir a una escuela privada, esto es “porque sentían una viva repulsión por las escuelas oficiales”. Sin embargo, eran más los que acudían a las escuelas oficiales debido a que se daba una enseñanza cada vez “más completa y más seria” que incluso las personas de clase media decidieron asistir a ellas. Al igual que existían escuelas oficiales y particulares también habían escuelas del clero que solo formaban una pequeña minoría a pesar de que la tradición católica fue fuertemente arraigada por el pueblo mexicano. Parece ser que muchas escuelas establecidos por laicos funcionaban como católicas, cabe mencionar que la enseñanza religiosa estaba permitida siempre y cuando cumplieran con los programas oficiales.
En el Porfiriato la mayoría de las escuelas funcionaban para uno u otro sexo, es decir, los niños y las niñas no asistían al mismo tiempo a la escuela, a excepción de los lugares marginados que a falta de escuelas los niños y niñas tenían que compartir clases, siempre y cuando estuvieran separados dentro del salón de clases. En la mayoría de los estados, eran más los niños quienes acudían a la escuela debido a que se le daba prioridad a diferencia de las niñas quienes se tenían que quedar en casa para ayudar a sus madres en los quehaceres domésticos.
Como podemos observar, durante el Porfiriato había desigualdades en cuanto a las escuelas que se dividían en oficiales, particulares y del clero; y también en cuanto a la separación de los niños y las niñas en la educación.